Агриппина Ваганова родилась 14 июня 1879 года в Санкт-Петербурге в семье капельдинера Мариинского театра, бывшего унтер-офицера Акопа Ваганова родом из персидских армян.
В десятилетнем возрасте Агриппина поступила в Императорское театральное училище. Уже через год после сдачи выпускного экзамена на 11 баллов из 12-и будущая звезда балета состояла в труппе «Мариинки».
Выдающийся балетмейстер Мариус Петипа не счел ее достаточно изящной «куколкой», но на нее обратил внимание другой педагог — Николай Легат, благодаря которому Ваганова и довела свою технику классического танца до совершенства.
Ваганова прославилась как «царица вариаций», а ее главные роли в постановках «Ручей», «Лебединое озеро», «Жизель» вошли историю классического балета.
В 1916 году в возрасте 36 лет Ваганова навсегда ушла со сцены, а после Октябрьской революции 1917 года Ваганова преподавала в хореографическом училище Петербурга.
Пришедшие тогда к власти представители «нового» искусства предлагали заменить систему классического балета спортивной гимнастикой, считая, что балет, как искусство, не нужен советской России. Однако, Ваганова в 1925 году доказала обратное. Воспитанница Вагановой Марина Семенова очаровала своим танцем специально созванную комиссию для принятия решения о судьбе русского балета в стране, в результате чего большевики отказались от идеи реформировать русский классический балет.
С 1931 по 1937 год Агриппина Яковлевна была художественным руководителем Мариинского театра. В 1934 году получила звание народной артистки РСФСР. В 1943 году удостоилась звания профессора хореографии и год проработала в Большом театре в Москве.
Ваганова ушла из жизни 5 ноября 1951 года и была похоронена на «Литераторских мостках» Волковского кладбища в Санкт-Петербурге. В 1957 году Академии Русского Балета было присвоено имя Агриппины Вагановой.